Cuando emitir la factura y cuando ingresar el IVA

El Reglamento de facturación (RD 1619/2012) en su artículo once, indica que las facturas deben expedirse en el momento de la operación. Pero cuando el destinatario de la operación actúa como empresario o profesional, la factura puede expedirse más tarde, concretamente indica que debe expedirse antes del día 16 del mes siguiente.

Entonces ¿Cuándo se debe ingresar el IVA? ¿Cuál es la fecha que debe tenerse en cuenta?